Читаем правила-рекомендации по заливке книг:
http://lib.rus.ec/upload
"Если вы не в состоянии из имеющегося у вас текста создать нормальный fb2-файл, а текст нужный, то заливайте прямо в том виде, который попал вам в руки (txt, rtf и т.д) и предоставьте вопрос конвертации тем, кто это умеет и может делать качественно."

А общий алгоритм достаточно простой.
- pdf распознается в ФР, в нем же сразу правятся все косяки распознавания, результат распознавания сохраняется в ворд или другой текстовый редактор.
- По необходимости доработка текста в текстовом редакторе.
- Перевод в фб2, доработка получившегося в ФБЕ, вычитка и проч.